本件の主要論点は２つあって、
第１の論点は、募集中だった「国際政策協調学」分野の教授人事を途中で、「国際政策協調学」分野を「社会的意思決定」分野に変更した手続が違法であること。
第２の論点は、上記の違法な分野変更手続により、学融合を推進していた原告の学問の自由が侵害されたこと。
以下は、第１の論点について、原告の主張をまとめたもの。
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第１、本件分野変更手続の違法性
１、本件人事という用語について
被告は被告第１準備書面中で、《本件で原告が問題にしている平成２１年から平成２２年にかけて実施された教授ポストの人事》のことを「本件人事」と呼び（４頁２行目）、「本件人事」は本訴で原告が問題とする国際政策協調学の教授人事のことを指しているように見えるが、他方で、前訴（御庁平成２４年（ワ）第４７３４号損害賠償請求事件）の一審判決２頁において、国際政策協調学の教授人事と開発技術政策学の教授人事を総称して「本件人事」と定義している（甲３７）。そこで、この用語の定義について整理確認しておきたい。
結論として、原告も、「本件人事」を前訴と同様、上記２つの分野の教授人事を総称した意味で使うことに異論ない。ただし、国際政策協調学の教授人事は２００９年から始まった開発技術政策学の教授人事に先立つこと４年、２００５年から始まり、継続されてきたものであり、もともと両者の教授人事は別個独立の人事である（２００５年から始まった国際政策協調学の教授人事の経過の概要は今般提出の甲３９原告陳述書（２）１参照）。その意味で、両者を区別する必要がある場合には、国際政策協調学の教授人事のことを本件人事１、開発技術政策学の教授人事のことを本件人事２と呼ぶ。
２、組織運営の手続違反の軽重について
(1)、一般論
そもそも法人等の組織運営における手続違反について、法令または当該組織の内部規則で定めがない場合、手続違反の軽重をどのように判断すべきか。この点、本件と比べ、営利法人であり、なおかつ無効原因に関するものという違いがあるが、株式会社の設立無効原因について述べた次の一般的な判断基準が組織運営の手続違反の軽重を判断する際の指針として参考になる。
《株式会社の設立無効原因をどの範囲で認めるかは、困難な問題であるが、会社法はこれにつきなんらの規定をしていないから、解釈によって決するほかない。一般的に言えば、会社の設立が公序良俗もしくは法の強行規定または株式会社の本質に反する場合かどうかで判断すべきである。》（大隅健一郎・今井宏・小林量「新会社法概説」（２００９年３月１０日初版）６０頁）
(2)、本件
これを参考にすれば、本件における組織運営における手続違反の軽重も解釈によって決するほかないが、一般的に言えば、当該組織運営が公序良俗もしくは法（当該組織の内部規則も含む）の強行規定または当該組織の本質に反する場合かどうかで判断すべきである。本件は国際協力学専攻が所属する新領域創成科学研究科という大学院の運営において発生した問題であり、それゆえ、「当該組織の本質」とは当該研究科紹介のＨＰ（甲３）に記載された通り、
《新領域創成科学研究科は、学際性をさらに推し進めた「学融合」という概念で新しい学問領域を創出することを目指して１９９８年に設置され》た大学院という点にある。具体的には、新しい学問領域すなわち《ナノ、物質・材料、エネルギー、情報、複雑系、生命、医療、環境、国際協力など、伝統的な学問体系では扱いきれなくなった分野横断的な重要課題に取り組むために、各分野をリードする意欲的な教員が集結しました。組織の壁を取り払った自由でオープンな研究教育環境の中で多様なメンバーが密に交流・協力し、人類が直面する新しい課題に挑戦していくことが研究科の基本理念です。》（甲３）
従って、新領域創成科学研究科という組織運営における手続違反の軽重もこの研究科の基本理念（組織の本質）に照らして判断されるべきである。
３、本件人事１の本質的特徴
次に、本件人事１の本質的特徴を一言で言えば、それは国際政策協調学の教授人事と社会的意思決定の教授人事という、両者は一見連続しているようで実は不連続な、別個独立の２つの教授人事から構成されており、一方の国際政策協調学は進行中の教授人事を途中でいきなり「今のはなかったことにしよう」と強制終了されたものであり、他方の社会的意思決定はその後ただちに新たな分野で教授人事が再スタートしたが肝心の分野選定の手続が省略されたものである。すなわち、
本件人事１は、既に２００５年に分野とポストが「国際政策協調学の教授人事」と決定し（甲３９原告陳述書（２）１参照）、２００９年５月に当該教授選考手続を再開したものである。具体的には、５月１３日の学術経営委員会で教授選考委員会が設置され（甲７の３）、教授選考委員会から発議した国際協力学専攻に対し具体的な教授選考手続の遂行が委託され、国際協力学専攻は教授候補者の募集・検討を開始した。ところが、その募集活動のさなかである２００９年１１月、この間営々と進められてきた募集活動と相容れない措置が突如として取られた。それが「国際政策協調学」の分野変更という名目で行われた「国際政策協調学の教授人事」の凍結（中止）という措置であった。それが進行中の教授人事を途中でいきなり「今のはなかったことにしよう」と強制終了することである。言うまでもなく、教授人事を開始するにあたって、分野の決定を検討する中で分野変更が行われるのであれば、それはノーマルな措置である。しかし、本件はそれとは全く異なる。なぜなら、４年前の２００５年に国際政策協調学の教授人事が開始されたとき、分野は国際政策協調学と審議・決定され、その決定を受けて具体的な教授選考手続が進められ、一時休止しながらも継続してきたのである。それが２００９年５月から具体的な教授選考を再開し、その具体的な教授選考の募集手続が進められているさなかに、その募集手続をいきなり「今のはなかったことにしよう」と凍結（中止）するのは、３０年以上の研究生活の原告にとって一度も経験したことのないほどの、異例中の異例の出来事であった。
従って、もしこのような措置が適切なものとして認められるためには、異例中の異例の措置を正当なものにするに足りるだけの次の２つの措置の履行が不可欠である。
ⓐ．決定済みの分野につき進行中の募集手続をなぜ凍結（中止）しなければならないのか、その合理的な理由を関係機関である発議した国際協力学専攻の基幹専攻会議及び学術経営委員会に説明し、凍結（中止）の承認を得ること。
ⓑ．新たな分野で教授人事を再スタートする以上、新たな分野での教授人事の発議からつまり基幹専攻会議で分野変更の審議・決定から手続を履行すること。
ⓑ．新たな分野で教授人事を再スタートする以上、新たな分野での教授人事の発議からつまり基幹専攻会議で分野変更の審議・決定から手続を履行すること。
４、本件人事１の重大な分野変更手続違反の概要
以上述べた本件人事１の本質的特徴を踏まえ、５で述べる国際協力学専攻が所属する新領域創成科学研究科における分野選定手続の意義を踏まえると、本件人事１における分野変更手続違反として重大なものは次の３点に集約できる。
①．国際協力学専攻の基幹専攻会議及び学術経営委員会に対し、進行中の募集手続中止の理由を説明する措置を取らなかったこと及び当該機関の承認の不存在。
②．新たな分野で教授人事の再スタートにあたって、基幹専攻会議で分野の選定について審議・決定の不存在。
③．新たな分野で教授人事において、分野選定委員会の虚偽の審議結果報告書の作成。
５、第１の手続違反――進行中の教授人事の強制中途終了の手続違反――
３で前述した通り、本件人事１の本質的特徴の第１は進行中の募集手続を途中でいきなり「今のはなかったことにしよう」と強制終了したことである。それゆえ、もしこのような極めて異例な不作法が正当化されるとしたら、そのためには、本件人事１の関係機関である発議した国際協力学専攻の基幹専攻会議及び学術経営委員会に対し、進行中の募集手続をなぜ凍結（中止）しなければならないのか、その合理的な理由を説明し、当該機関から承認を得る必要がある。
ところが、本件において、当時専攻長の國島正彦教授らが委員を務める教授選考委員会は上記強制終了について、基幹専攻会議及び学術経営委員会から承認を得なかったのはもちろんのこと、そもそもこれらの機関に対し中止の説明を全くしていない。この点で、本件の手続違反は重大と言わざるを得ない。
６、第２の手続違反――基幹専攻会議で分野の選定について審議・決定の不存在――
(1)、新たな分野で教授人事の再スタートする場合の本来の手続
本来であれば、分野変更について一から手続を履行する場合には次の手続を踏むことが必要である。
①．基幹専攻会議で分野の選定について審議・決定。
②．専攻から学術経営委員会へ分野の選定について発議。
③．学術経営委員会の承認により分野選定委員会を設置。
④．分野選定委員会の審議・決定。
⑤．分野選定委員会から学術経営委員会へ報告。１回目の審議と再審議の決定。
⑥．２回目の審議と分野の承認。選考委員会を設置。
これらの手続のうち最も重要なものは「①．基幹専攻会議で分野の選定について審議・決定」であり、これが欠けては分野変更の中核となる手続の不存在と言うほかない。
なぜなら、２(2)で前述した通り、新領域創成科学研究科の特質とは、学融合による新しい学問領域の創出、すなわち《ナノ、物質・材料、エネルギー、情報、複雑系、生命、医療、環境、国際協力など、伝統的な学問体系では扱いきれなくなった分野横断的な重要課題に取り組むために、各分野をリードする意欲的な教員が集結しました。組織の壁を取り払った自由でオープンな研究教育環境の中で多様なメンバーが密に交流・協力し、人類が直面する新しい課題に挑戦していくことが研究科の基本理念です。》（甲３）という点にある。
そこで、《学融合という理念を実践するためには、どのような専門領域の組み合わせで教員を配置するかが重要》（甲５高木陳述書２頁(3)３～４行目）となる。この「どのような専門領域の組み合わせで教員を配置するか」を決めるのが教員人事における「分野の選定」手続である。そして、「分野の選定」手続の最初の手続である《研究科（原告代理人注：新領域創成科学研究科の学術経営委員会という意味である）へ新しい人事を発議する段階で、次の公募分野を何にするかは、非常に重要な事項でした。》（同高木陳述書２頁(3)１～２行目）。なぜなら、「どのような専門領域の組み合わせで教員を配置する」のが最適であるかがここで実質的に審議されるからである。《そのため、分野選定の議論には、教授や助教授だけでなく、将来を担う若い助手の人たちにも議論に参加してもらうようにしました。》（同高木陳述書２頁(3)５～７行目）
以上の通り、「分野の選定」の実質的な審議が行われる「①．基幹専攻会議で分野の選定について審議・決定」が最も重要な手続である。
基幹専攻会議の前身の大講座会議の時代であるが、実際にも、２００２～３年の教員人事において、分野の選定をめぐって大講座会議において極めて活発な審議をおこなったことが、当時の議事録（甲４４。２～３頁<協議事項>１、新人事にむけての望ましい分野の検討について・ 同４５。２～３頁<協議事項>６、新人事にむけての望ましい分野の検討について）に克明に記載されている。
(2)、新たに社会的意思決定で教授人事を再スタートした本件の教授人事
ところが、社会的意思決定に分野変更された本件の教授人事においては、分野変更の最も重要な手続である「①．基幹専攻会議で分野の選定について審議・決定」が全く履行されていない。この点で、本件の手続違反は重大と言わざるを得ない。
７、第３の手続違反――分野選定委員会の虚偽の審議結果報告書の作成――
本件では、２００９年１１月２５日に「④．分野選定委員会の審議・決定。」の事実がないにもかかわらず、これがあったかのように装い、審議の末、当日出席しない原告（甲１原告陳述書１４頁参照）も含め「全員一致でこれを承認した」という虚偽の報告書が作成され、学術委員会に提出された（甲１８の３）。これは虚偽公文書作成に該当する違法な行為であり、この点でも、本件の手続違反は重大と言わざるを得ない。
８、小括
以上に述べた通り、本件分野変更手続は、３つの重大な手続違反をおかしており、これらの重大な手続違反の結果、「国際政策協調学」分野は廃止され、当該分野を要素の１つとする本件学融合は多大な支障を来たすに至り、本件学融合の推進を目指していた原告の学問研究の自由を侵害するものであることが明白である。
◆その２（原告準備書面（３）から）
◆その２（原告準備書面（３）から）
１、第２の手続違反――基幹専攻会議で分野の選定について審議・決定の不存在――の根拠となる被告の内部規則
今般、原告は、原告準備書面（２）６頁で主張した第２の手続違反すなわち基幹専攻会議で分野の選定について審議・決定の不存在――の根拠となる被告の内部規則を入手したので、証拠として提出する（甲５０～５２）。
これは２００３年（平成１５年）９月１７日の学術経営委員会で承認、制定された「教官選考に当たっての分野及びポストの審議に関する申合わせ」（以下、本件規則という）であり、教員人事における分野及びポストの審議のために新たに分野選定委員会を設置し、その具体的な運用について定めたものである。
注目すべきなのは、本件規則（当初の甲５０及びその後改正の甲５１、同５２のいずれも）の注釈として、
注１．「分野及びポスト」の変更が生じる場合は、再度、発議からやり直す。
と明記していることである。
すなわち、発議により学術経営委員会で教員人事が進められている中で、「分野及びポスト」の変更が生じる場合には、人事手続として、最初から、発議からやり直す必要があることが明らかにしたものである。
従って、原告準備書面（２）６頁で主張した通り、国際政策協調学の教授人事（以下、本件人事１と略称）において、既に決まっていた国際政策協調学分野を社会的意思決定に変更する場合には、発議した専攻の基幹専攻会議で分野の変更について審議・決定して「発議をやり直す」ことが必要であるのに、それをしなった本件人事１は本件規則に違反することが明らかであり、違法と言わざるを得ない。
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